VCFからPlinkファイルにコンバート

NGSから出力されたVCFファイルをPlinkにコンバートする際にPLIINK v. 1.90を
使用するのが良いのは良く知られていますが、
plink1.9
BioStarsでコンバートのやり方を記述した記事を見つけたので、
忘れないようにメモメモ。
VCF file analysis to find genome wide association

VCFは変異があることを教えてくれるが、カバレッジが無かったところは
教えてくれるわけではないので、
カバレッジがあるかは確認した方が良いのだろうか、、、

Read coverage for specific region of the genome - SEQanswers

まだまだ修行は続く